日本最大量を誇る中世の志海苔古銭を含む考古資料、アイヌ風俗画などの美術工芸資料、ペリー来航、ハイカラ文化、函館大火に関する歴史資料、函館の古き良き時代を物語る民俗資料、自然科学の分野では、地質／鉱物／化石資料の他に北海道内外の動植物資料が収蔵・展示されています。
歴史が古く、博物館の前身となる「函館仮博物場」は明治12（1879）年に開場していて、これは北海道最古となっています。
五稜郭分館が閉館しましたが、五稜郭に展示してあった箱館戦争関連のいくつかは、函館博物館で見ることができます。
「いのししのような野生化した豚」もこちらに収蔵されているのですが、大きな特別展などが開かれている場合はスペースの関係で展示されていないことも多いようです。
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旧函館博物館1号、18年ぶりに公開
国内の地方博物館では最古の旧函館博物館1号が開館131周年を迎える25日、18年ぶりに一般公開される。公開は5月25日午前10時〜午後3時、入館無料。