正保元（1644）年に伊勢から僧円竜が本尊である弥陀木像を持参して渡来、現在の亀田八幡宮付近に阿弥陀庵を建てたのが始まりの、浄土宗の寺院です。
その後、現在の弥生小学校の場所に移り、幕末には箱館奉行交代の際の仮本陣となり、箱館の開港時には一時イギリス領事の宿舎となるなどの歴史があります。明治12（1879）年の大火で焼けて現在地に移りましたが、度重なる大火で何度も焼けており、昭和4（1929）年に鉄筋コンクリート建ての本堂を建築しました。
ここには、北海道最古の板碑として貴重な「貞治の碑」、高田屋嘉兵衛、野球選手の久慈次郎などの有名人の墓があります。他に、箱館の由来となった館を築いたとして有名な「河野政通供養碑」、土方歳三と新選組隊士の供養碑も。
その、土方の供養碑ですが、土方歳三ゆかりの東京都日野市金剛寺の過去帳に、函館称名寺に供養碑を建てたと記されています。しかし、明治期の大火で3回も焼けたため碑は現存していませんでした。そこで、昭和48年に有志が現在の碑を建立したのだそうです。他、4名の隊士は称名寺の墓地に墓碑がありましたが、昭和29年の台風で破壊されたため、この碑に名を刻んだものです。
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